El 'Zurdo' López dirigió en siete oportunidades al Junior, siendo el segundo en ese rango detrás de Julio Comesaña.

En Junior, el argentino tuvo su primera experiencia como entrenador. Esto ocurrió en 1978 cuando trabajaba en las divisiones menores de Atlético Nacional, club con el que había salido campeón en 1976 bajo el mando de Oswaldo Juan Zubeldía.

Fuad Char se fijó en él tras fracasar en los intentos por traer de nuevo a José Varacka, quien se fue en pleno torneo de 1977, y de contratar a Jorge 'Indio' Solari.

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El 'Zurdo' desembarcó en Barranquilla exactamente el 8 de junio de 1978 para tomar las riendas de la escuadra rojiblanca, que tenía como técnicos encargados a Carlos Peña y a Marcos Coll, quienes a su vez habían reemplazado al uruguayo Mario Patrón, despedido por los malos resultados.

Bajo su mando, Junior quedó eliminado en la fase de grupos de la Copa Libertadores, que disputó contra Deportivo Cali y los uruguayos Peñarol y Danubio. Renunció en octubre de ese año después de caer 4-2 ante el Cali. En su lugar fue contratado el argentino Vladislao Cap.

Su segundo ciclo lo inició a mediados de 1988. El 'Zurdo' vino con el cartel de haber sido campeón del fútbol mexicano con el América, en 1985. Clasificó al Junior al octogonal final de ese año, donde terminó en el quinto lugar. Fue ratificado para 1989, año en que el equipo tiburón implementó la política de los 'puros criollos'. Para muchos, ese fue el mejor Junior que armó y dirigió el 'Zurdo'. Estaba clasificado al cuadrangular final junto a Millonarios y era un serio candidato al título, pero el torneo fue cancelado por el asesinato del árbitro Álvaro Ortega.

Una de sus etapas más fugaces en Junior fue la de 1992. Fue el año de la contratación fallida de Leonel Álvarez. El 'Zurdo' reemplazó a Julio Comesaña, quien hizo una gran campaña en el 91’, pero terminó en medio de polémicas con el paraguayo Javier Ferreira, lo cual originó su salida.

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El argentino apenas dirigió 12 partidos. Los resultados no lo acompañaron y terminó renunciando al cargo.

Retornó por cuarta vez en 1998 para reemplazar a Javier Castell. Recibió al equipo a un punto del octavo lugar, pero en ocho partidos que dirigió no ganó ninguno y quedó eliminado.

Pese a ello fue ratificado para el año siguiente, donde trajo la primera “camionada” de jugadores que se recuerda en la historia del Junior. Ese equipo, aunque sumó muchos puntos, su fútbol no era del agrado de la hinchada. Terminó tercero en la reclasificación lo que le dio el derecho a jugar la Copa Libertadores del 2000.

Su consagración con Junior llegaría en 2004. Asumió por quinta vez en reemplazo de Jorge Luis Pinto. Esta etapa estuvo marcada por la polémica contratación del creativo argentino Omar Pérez, exBoca Juniors, quien llegó por pedido del 'Zurdo'. El jugador fue presentado a los medios, pero después de la revisión médica se comprobó que tenía una artrosis en su rodilla derecha, que puso en duda su contratación.

El 'Zurdo' peleó a capa y espada por Pérez y logró que la directiva lo dejara en el equipo. El tiempo le dio la razón al técnico argentino, ya que Pérez fue clave para la conquista del título en la final contra Nacional, quizás la más dramática en la historia de los torneos cortos.

En la ida, Junior ganó 3-0, pero en la vuelta perdió 5-2, pero un gol sobre el final de Walter Ribonetto forzó la definición por tiros desde el punto penal, los rojiblancos  ganaron 5-4 y se coronaron campeones.

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Al año siguiente, Junior jugó la Copa Libertadores y avanzó hasta octavos de final, fase en la que fue eliminado por Boca Juniors.

En 2006 volvió en un momento complicado, de crisis, con Junior en zona de descenso. El 'Zurdo' reemplazó a Dragan Miranovic, cuyo segundo ciclo no fue tan exitoso como el primero. El equipo quedó eliminado de los cuadrangulares (ocupó el puesto 14), historia que se repitió en el primer semestre de 2007, al terminar en el undécimo lugar.

En el segundo semestre de 2013, el 'Zurdo' empezó su séptimo y último ciclo al frente del Junior. El equipo rojiblanco venía de cumplir un mal primer torneo con Alexis García, pero con el argentino volvió a ser protagonista. El 'Zurdo' lo clasificó a los cuadrangulares y, entre los jugadores que consolidó como titular, estuvo Guillermo Celis, quien regresa para el próximo torneo.

Con el 'Zurdo', Junior recuperó futbolísticamente a Edwin Cardona, incorporó a Michael Ortega e hizo goleador del torneo a Luis Carlos Ruiz.

El último partido dirigido por el 'Zurdo' en Junior fue el del 16 de marzo de 2014, contra Tolima, en Ibagué, que el cuadro barranquillero perdió 3-1. Fue la única vez en que el argentino fue reemplazado por Julio Comesaña, quien llevó al equipo hasta la final.